想要知道一个人的身份，可以通过查看他的身份证获取信息。但如果想要知道一艘在海底沉寂已久的古船的信息呢？

12月1日，记者从华大智造获悉，国内考古团队首次将分子水平的生物基因研究技术应用于水下考古领域，在对“长江口二号”古船的水下文物考古时，通过利用华大智造MGISEQ-2000高通量基因测序平台等仪器，找到了古船的“出生地”和“出生日期”，揭开了古船的百年身世之谜。

让稻壳“说话”

11月21日，我国迄今水下考古发现体量最大的木质沉船——“长江口二号”古船成功实施整体打捞，其保存完整、船载文物丰富，被称之为近代上海的“时空宝盒”。

在“长江口二号”的出水文物中，有一只底款为“同治年制”篆书的大型青花双耳瓶。复旦大学副教授文少卿领衔的生物考古团队在双耳瓶对淤泥进行取样时，发现瓶内50只小瓷杯之间垫有用于防震的大量稻壳。与此同时，考古团队也获取到古船上其他的稻壳样本。

在海底沉寂百年，一粒小小的稻壳如何告诉人类穿越时空的故事？考古人员通过运用MGISEQ-2000高通量基因测序平台等仪器设备对稻壳样本进行检测后，发现可以根据稻壳的DNA比对结果大致推测其产地，再结合瓷器的窑口，推测出了“长江口二号”的上货港口；甚至可根据碳十四测年判断稻壳的大致“年龄”，来大致推测长江口二号古船的年代。

最终，稻壳检测结果与瓷器底款互相印证，进一步确定了“长江口二号”古船在清朝同治年间运行，已经在水下尘封超过150年。

不仅稻壳，瓶中的泥沙，也是有着成千上万种微生物的“小世界”。基于华大智造MGISEQ-2000等仪器设备，考古人员通过分子水平的生物基因研究技术的探索，从瓶中的淤泥中提取出微生物的3900多条DNA信息，并和全球DNA数据库里的微生物进行比对，成功总结出古船的沉积过程和长江口水环境的变迁。


一测定乾坤

今年，2022年诺贝尔生理学或医学奖颁给了瑞典遗传学家斯万特·帕博 (Svante P？bo)，这被称为迄今为止距离基因组学及高通量基因测序最近的诺奖。帕博建立了一个全新的科学学科——古基因组学，完成了看似不可能的事情：采用高通量测序技术对当今人类已灭绝的近亲——尼安德特人的基因组进行测序。

据悉，高通量测序技术的出现促进了基因组学的快速发展，古基因组学也因此开始成为考古学、遗传学研究中的大热门。目前，基于不同策略开发的各种高通量测序平台已在古DNA样本分析中广泛应用。

2021年，复旦大学文少卿团队联合厦门大学王传超团队，首次评估使用华大智造MGISEQ-2000测序平台进行古基因组学研究的潜力，并发表在Frontiers in genetics杂志上。该研究从测序数据质量、文库复杂度、基因组覆盖均一性和种群遗传分析四个维度出发，对MGISEQ-2000在古基因组学中的综合性能进行评估，结果显示MGISEQ-2000在内源率和文库复杂度方面表现优异，在其他关键参数上媲美古基因组学研究中常用的高通量测序平台，可作为大多数古基因组学研究的潜在选择。